W kształtowaniu krajobrazu Trzebońska człowiek uczestniczył już od XII wieku, zwłaszcza poprzez uregulowanie stosunków wodnych pierwotnej krainy bagien. Wynikiem tej działalności jest  skomplikowana sieć sztucznych kanałów (na przykład Zlatá stoka, Nová řeka) oraz mnóstwo stawów, które czynią Trzebońsko centrum czeskiej gospodarki rybnej (w sumie 460 stawów). Rozległe zespoły stawów, z wytworzonymi wtórnie zbiorowiskami litoralnymi, stały się lęgowiskiem oraz przystankiem migracyjnym ptactwa wodnego liczącym się w skali Europy. Obszar wyróżnia się  bogactwem roślinności bagiennej i wodnej. Do najcenniejszych biotopów Trzebońska należą rozległe torfowiska przejściowe z zachowanymi zbiorowiskami roślinnymi (Pino rotundatae-Sphagnetum) i związaną z nimi fauną  bezkręgowców. W dużej części przetrwały także pierwotne meandrujące cieki rzeczne (na przykład Lužnice) z regularnie zalewanymi terasami zalewowymi oraz resztkami lasów łęgowych, a także ekstremalnie suche tereny wydm. Dwa tutejsze mokradła zostały zgłoszone do ochrony międzynarodowej w ramach  Konwencji Ramsarskiej  Trzebońskie stawy (Třeboňské rybníky)  i Trzebońskie torfowiska (Třeboňská rašeliniště).

Obszar ma znaczenie dla ochrony wielu zagrożonych kręgowców, na przykład wydry europejskiej oraz orła bielika. Element naturalny w krajobrazie  Trzebońska wiąże się z  stosunkowo gęstością zaludnienia oraz zachowaną unikatową architekturą miast historycznych (miejski rezerwat zabytków Trzeboń) oraz wsi. Walory naturalne oraz kulturowe tworzą więc z trzebońska wyjątkowy, w kontekście europejskim, obszar i nadają mu także wysoki potencjał rekreacyjny. Na tym obszarze tradycyjnie skoncentrowano badania ekologii mokradeł (Botanický ústav AV ČR – Instytut Botaniczny),  a ostatnio włączono Trzebońsko do międzynarodowej sieci obszarów o długotrwałych badaniach ekologicznych (ILTER).